تضمن قانون الجمارك، عدة ضوابط وآليات للتصرف في البضائع المعفاة جمركيًا، يأتي ذلك بهدف تنظيم إجراءات الإفراج عنها وضمان الالتزام بالقوانين واللوائح الجمركية.
كما تأتي هذه الضوابط في إطار تعزيز الرقابة ومكافحة التلاعب أو الاستغلال غير القانوني للإعفاءات الجمركية، بما يضمن حماية الاقتصاد وسلاسة حركة التجارة.
وطبقا لنص القانون ، يحظر التصرف في البضائع المعفاة سواء كان الإعفاء كاملاً أو جزئيا أو بتخفيضات في التعريفة الجمركية بأي نوع من أنواع التصرفات الناقلة للملكية لغير الأشخاص أو الجهات التي تتمتع بذات الإعفاء.
كما حظر القانون أيضا استعمال هذه البضائع فى غير الأغراض التي تقرر الإعفاء أو التخفيض من أجلها إلا بعد موافقة المصلحة وسداد الضريبة الجمركية وجميع الضرائب والرسوم الأخرى حال استحقاقها، وفقًا للشروط التي تحددها اللائحة التنفيذية لهذا القانون، ويسري هذا الحظر لمدة خمس سنوات من تاريخ الإفراج.
وتحصل جميع الضرائب والرسوم السابق الإعفاء منها إذا لم تستعمل تلك البضائع الاستعمال المعتاد في الغرض المعفاة من أجله، إلا إذا حال مانع دون استعمالها من الشخص المعفي فيما أعفيت من أجله بسبب قوة قاهرة أو حادث جبري أو بسبب مبرر يقبله الوزير أو من يفوضه فتوقف مدة الحظر ليبدأ حسابها من تاريخ زوال هذا السبب .